Leczenie endodontyczne polega na oczyszczeniu kanałów korzeni zębowych oraz komory zęba z chorej miazgi. Po dokładnym ich oczyszczeniu z chorej tkanki i opracowaniu a następnie dezynfekcji, wypełnia się wolne przestrzenie w kanałach materiałem biozgodnym, najczęściej gutaperką. Tą metodą leczy się nieodwracalne zapalenia miazgi, zwane też pulpopatiami nieodwracalnymi.Nieodwracalne czyli takie, których nie można wyleczyć metodami biologicznymi poprzez pokrycie pośrednie lub bezpośrednie miazgi zęba.Wszystko zależy od stopnia zaawansowania procesu chorobowego. Trzeba pamiętać, że miazga zęba to tkanka żywa, bogato unaczyniona i unerwiona, wykazująca wyjątkową wrażliwość na bodźce bólowe. Ból, często nagły, bardzo silny, który pacjenci czasem określają jako nie do wytrzymania, pojawia się w zębie z żywą miazgą znajdującą się w początkowym stadium choroby zapalnej. Zapalenie zaawansowane, toczące się już od pewnego czasu w zębie, lecz obejmujące żywą jeszcze miazgę, może albo nie dawać żadnych objawów bólowych, albo też – przeciwnie - charakteryzować się bólem długotrwałym o znacznym nasileniu. Miazga martwa oraz tkanka znajdująca się w fazie rozpadu zgorzelinowego nie dają objawów bólowych. Odczuwalny przez pacjenta ból jest efektem zwiększającego się ciśnienia wewnątrz komory i kanałów korzeniowych.Leczenie endodontyczne nie zawsze może być przeprowadzone. W sytuacji, kiedy istnieją przeszkody, np. w postaci kanałów uformowanych tak, że nie da się ich dokładnie oczyścić z chorej tkanki i opracować, stomatolog może podjąć decyzję o usunięciu zęba. Może też działać bardziej oszczędnie i przeprowadzić resekcję wierzchołka korzenia zębowego zawierającego nieoczyszczony z miazgi i niewypełniony fragment kanału. W przypadku, kiedy występują zmiany w tkankach okołowierzchołkowych korzenia, dentysta może wykonać hemisekcję lub radisekcję. Oba zabiegi przeprowadza się na zębach wielokorzeniowych, przy czym w przypadku hemisekcji usuwa się jeden albo i więcej korzeni zęba wraz z częścią korony, natomiast podczas radisekcji odcinany jest tylko korzeń (jeden lub więcej), ale z pozostawieniem całej korony zęba. Trzeba zaznaczyć, że obecna stomatologia dąży do maksymalnego oszczędzania tkanek zęba, tak więc wszystkie zabiegi usuwania lub odcinania wykonywane są tylko w przypadkach uzasadnionych względami medycznymi.Organizm to żywa struktura i w przypadku leczenia kanałowego, jak przy każdej innej interwencji medycznej, mogą wystąpić powikłania. Głównymi przyczynami są znacznie zakrzywione kanały korzeniowe, ich zobliterowanie czyli zamknięcie ich światła (szczególnie w starszym wieku), obecność zębiniaków oraz perforacje dna komory zęba, boczne lub wierzchołkowe. Zdarza się też, że podczas pracy złamie się końcówka narzędzia, którym stomatolog opracowuje kanał i nie da się jej usunąć, by opracować kanał do końca. Czasem przyczyną nieudanego leczenia endodontycznego jest uraz mechaniczny trudny do oceny na zdjęciu przed rozpoczęciem leczenia.
