Odstawienie antybiotyku to zdecydowanie niedobry pomysł. Reakcja Herxheimera jest reakcją nadwrażliwości organizmu na zabite drobnoustroje i toksyny przez nie uwalniane, typową m.in. dla chorób wywoływanych przez krętki, do których należy właśnie borelioza.
Wystąpienie tej reakcji potwierdza wręcz skuteczność leczenia. Jeżeli to reakcja Herxheimera to objawy powinny występować w cyklicznych odstępach, przy czym kolejne objawy powinny być słabsze, aż do ich wygaśnięcia. Natomiast przy nietolerancji leku taka cykliczność nie występuje.